1/B) La fermentation du chocolat
Après la récolte et l'écabossage, les graines traversent l'étape technologique de la fermentation . C'est, avec la torréfaction, l'une des deux étapes essentiel de l'arôme du chocolat. Les transformations de la fermentation se déroulent dans deux sites de la graine: la pulpe et les cotylédons. Dans la pulpe se succède une fermentation alcoolique anaérobie (sans air) et une fermentation acétique aérobie (en présence d'air). Dans la graine des réactions biochimiques vont transformer les substances de réserve en précurseur de l'arôme du chocolat.
Une foi qu'il les a extraites des cabosses, le planteur rassemble les graines de cacaos en tas ou dans des caisses de bois, pour la fermentation. En général, un tas ou une caisse contient entre 100 kilos et une tonne de graines fraîches.
Pour être sur de n'introduire dans les caisses de fermentations que de bonnes graines, certains planteurs consciencieux placent une grille sur la caisse. Le
cacao est tamisé par la grille 
et les graines noires, les débris de cabosses, les agglomérats de graines immatures sont retenus puis rejetés.
La fermentation dure entre trois et huit jours, selon les variétés, le climat et le savoir-faire du planteur. Au cours de cette étape, les graines sont brassées
chaque jour ou tous les deux jours, en les transférant d'une caisse ou d'un tas à l'autre. 
Pendant la fermentation, la majorité de la pulpe qui entoure les graines est éliminée par des réactions fermentaires vraies, c'est à dire dues a des micro-organismes. A l'intérieur des graines, l'embryon est tué, ce qui empêche la germination; enfin et surtout; des réactions biochimiques produisent les précurseurs de l'arômes.
L'ensemencement par les micro-organismes est naturel: ils sont déjà présents dans l'air, sur les mains et les outilles des travailleurs, dans les caisses, culottées comme une vielle pipe.
Faisons ensemble un petit voyage à l'intérieur d'une graine pour voir ce qu'il s'y passe durant la fermentation.
Les graines de cacao sont constituées d'une enveloppe extérieure (la coque), de deux cotylédons imbriqués l' un dans l'autre, et du germe. Elles sont entourées d' une pulpe mucilagineuse abondante, qui représente 30 à 40 pour cent du poids total de la graine.
Voyons d abord ce qui se passe dans la pulpe. C’est la que nous allons observer des fermentations vraies, microbiennes:d'abord une phase de fermentation alcoolique anaérobie, sans air, suivie d'une phase acétique aérobie, en présence d'air.
La pulpe est constituée de 80 pour cent d'eau, de 12 pour cent de sucres ( surtout de glucose ),d'acide citrique qui la rend acide et elle est structurée par des réseaux de pectine, qui, comme les mailles d'un filet de pêcheur, assurent sa cohésion. L'acide citrique confère a la pulpe un pH proche de 3 ce qui indique une acidité assez forte, similaire a celle du soda ( acidité très forte à pH=0;acidité nulle à pH=7 ).
L' abondance de la pulpe fait une sorte de ciment autour des graines et empêche l'air de pénétrer:c'est l'anaérobiose.
Toutes ces conditions sont favorables au développement de levures - champignons unicellulaires aptes à provoquer la fermentation des matières organiques
animales ou végétales - qui vont transformer les sucres de la pulpe en alcool éthylique 
tout comme les levures du raisin transforment les sucres en vin. C'est la fermentation alcoolique.
Cette réaction libère un peu de chaleur ( 96 kJ par molécule de sucre transformée ).Ce sera juste assez pour faire monter la température de quelques degrés.
Mais ce n'est pas tout, les levures consomment aussi l'acide citrique de la pulpe, ce qui fait diminuer son acidité et donc remonter le pH aux alentours de 4,5,ce qui correspond à l'acidité d'une tomate.
Puis, des levures comme Saccharomyces chevalieri dégradent les pectines de la pulpe grâce à certaines de leurs enzymes. Le "filet" est alors déchiré, et la pulpe s'écoule sous forme de jus. Le ciment que formait la pulpe est détruit, une micro pénétration d'air se produit entre les graines.
Au bout de un à deux jours, les nouvelles conditions créées par les transformations de la pulpe ( disparition des sucres et
présence d'alcool, pH plus élevé, pénétration d'air ) ne sont plus favorables aux levures mais cette fois à des bactéries – organismes vivants unicellulaires procaryotes caractérisés par une
absence de noyau et d’organites -, en particulier aux bactéries acétiques qui transforment l’alcool précédemment formé en acide acétique 
C’est un peu la même chose que lorsque l’on fabrique du vinaigre avec du vin « piqué ».
Cette réaction dégage beaucoup de chaleur : 490 kJ pour chaque molécule d’alcool transformée et la température augmente,
parfois jusqu'à 50°C 
Il arrive aussi que quelques fermentation lactiques se produisent, surtout s’il reste un peu de sucres. Elles ne sont pas souhaitables, car ce sont elles qui communiquent au cacao des goûts de lait tourné, de vieux yaourt, voire d’étable.
Alors si tout se passe bien, nous voilà avec l’acide acétique, formé dans la pulpe par les réaction microbiennes, et cet acide va pénétrer dans la graine de cacao, à travers la coque en jusque dans les cotylédons.
Drôle d’idée que de favoriser la pénétration de l’acide acétique dans le cacao : Personne ne voudrait de chocolats au goûts de vinaigre ! Ne nous affolons pas : l’acide acétique est un mal nécessaire. Grâce à lui, les réactions biochimiques qui produisent les précurseurs de l’arôme chocolat vont pouvoir se dérouler dans la graine. Ensuite, son rôle accompli, l’acide acétique sera totalement éliminé. L’acide acétique est important : il faut favoriser sa production pendant la fermentation. Il est produit par des bactéries et cette production dégage de la chaleur. On peut dire que le température est l’image de la production d’acide acétique.
Dans les cotylédons
Suivons maintenant l’acide acétique. Franchissons la coque et entrons dans la graine, au sein des cellules des cotylédons. La graine de cacao est une graine grasse : elle contient environ 50 pour cent de lipides, le beurre de cacao. Elle contient aussi d’autres substances de réserves, qui lui servent normalement à germer et à fabriquer une tige et des racines. Ce sont des sucres complexes et des protéines. Elle renferme également des polyphénols responsables de sa couleur violette.
Mais la nous voulons que les substances de réserves de la graine se transforment en bon arôme chocolaté. En guise de résultat, nous aurons les protéines transformées en acides aminés, précurseurs de l’arôme ; les sucres complexes sont transformés en sucres simples, autres précurseur de l’arôme ; les polyphénols sont réduits inactifs.
Les chemins vers l’arôme
Les composés qui se sont formés à l’intérieur de la graine pendant la fermentation sont appelés précurseurs de l’arôme. Pendant la torréfaction, ils entreront en réaction entre eux pour conduire aux composés de l’arôme chocolat.
La fermentation est une étape cruciale. Si elle n’est pas bien menée, elle peut conduire à des défauts graves, tels que les
fèves de couleur ardoisée, sans arôme, très amères et très astringentes ou des fèves violettes, peu aromatiques, ou encore les fèves pourries
Voilà maintenant près d’une semaine que les fèves de cacao ont été mises en fermentation. Et nous n’en sommes toujours pas au chocolat. Loin de là. Eh oui ! Cette petite plaque que l’on dévore en quelques secondes a déjà demandé six mois pour que les fruits mûrissent, une journée de récolte et d’écabossage, six jours de fermentation et ce n’est toujours as fini !
La fermentation, comme nous l’avons vu, modifie le contenu de la fève. De nouvelles molécules apparaissent. Quelles
sont-elles ? Pourquoi sont-elles si importantes ? Que vont-elle devenir ? Ces réponses se trouvent dans la partie suivante concernant les arômes du chocolat.
Tableau récapitulati de la partie pré-industrielle :